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藏羊MIF基因的序列測定與分析-LRH-100CL使用

返回列表 來源:未知 發(fā)布日期:2019-10-23 09:56【

藏羊是青藏高原特有的物種,生活在青海省的黃 南、果洛、玉樹、海北、海南、海西等高寒高海拔地區(qū), 具有一定的抗寒抗病能力。巨噬細(xì)胞的移動抑制 因子( MIF) 最初作為 T 淋巴細(xì)胞的激活產(chǎn)物被發(fā)現(xiàn), 因其在體外可以抑制巨噬細(xì)胞的移動而得名。胰 島 β 細(xì)胞通過分泌 MIF 來促進(jìn)胰島素的釋放,從而 影響血糖代謝。

1 材料

1. 1 試驗樣品

健康高原型藏羊脾臟組織,青海大學(xué)農(nóng)牧學(xué)院動 物醫(yī)學(xué)系預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實驗室采集并冷凍保存。

1. 2 主要試劑

組織 RNA 提取試劑盒,購自北京艾德萊生物科 技有 限 公 司; Prime Script 反 轉(zhuǎn) 錄 試 劑 盒、Premix TaqTM、DL-2 000 Marker,均購自寶生物工程( 大連) 有限公司。

1. 3 主要儀器

高速離心機(jī)( 型號為 SIGMA1 - 14) ,購自德國 Sigma 公司; PCR 儀( 型號為 T100) ,購自伯樂公司; 電子天平( 型號為 AL104) ,購自梅特勒-托利多儀器 有限公司; 生化培養(yǎng)箱( 型號為 LRH-100CL) ,購自 上海一恒科技有限公司。

2 方法

2. 1 引物的設(shè)計與合成

根據(jù) NCBI 數(shù)據(jù)庫中登錄的綿羊參考序列,設(shè)計 藏羊 MIF 基因的 PCR 引物。引物序列( 登錄號為 DQ414692. 1) 為 MIF-F 5' -ATGCCGATGTTCGTGGTGAA-3'; MIF-R 5'-TCAGGCGAAGGTGGAGCC-3'。

2. 2 總 RNA 的提取

按照試劑盒說明書進(jìn)行操作。

2. 3 RT-PCR 擴(kuò)增

反轉(zhuǎn)錄 cDNA: 取總 RNA 5 μL,下游引物 2 μL, dNTP Mixture 2 μL,ddH2O 1 μL,65 ℃ 恒 溫 水 浴 5 min,迅速于冰盒中冷卻 2 min; 加入 5×反轉(zhuǎn)錄緩沖 液 4 μL,RNA 酶 抑 制 劑 0. 5 μL,反 轉(zhuǎn) 錄 酶 1 μL, ddH2O 4. 5 μL,充分混勻,于 42 ℃ 溫箱中反應(yīng) 40 ~ 60 min,70 ℃水浴 15 min,冷卻后保存,備用。 PCR 擴(kuò)增體系: 預(yù)混液( PCR Buffer、dNTPs、DNA 聚合酶) 25 μL,cDNA 5 μL,上 下 游 引 物 各 1 μL, ddH2O 18 μL。PCR 擴(kuò)增 程 序: 94 ℃ 1 min,62 ℃ 45 s,72 ℃ 30 s,35 個循環(huán); 72 ℃ 10 min。反應(yīng)結(jié)束 后-20 ℃保存,備用。

2. 4 核苷酸序列測定與分析

將瓊脂糖凝膠電泳檢測正確的 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物送 至生物工程( 上海) 股份有限公司進(jìn)行測序,采用 DNAStar 軟件進(jìn)行 MIF 基因序列分析。

2. 5 蛋白質(zhì)特性分析

分別應(yīng)用 DNAStar、SignalP、TMHMM、I -Tasser、 Predictprotein 等軟件對 MIF 蛋白的二級結(jié)構(gòu)、親水 性、柔韌性、表面可及性、信號肽、跨膜螺旋區(qū)、修飾位 點等蛋白特性進(jìn)行分析。

3 結(jié)果與分析

藏羊 MIF 基因 RT-PCR 產(chǎn)物經(jīng) 1%瓊脂糖凝膠 電泳檢測,結(jié)果 MIF 基因所在泳道出現(xiàn)與預(yù)期大小 相符的目的基因條帶( 348 bp) 且條帶清晰,見圖 1。

將藏羊 MIF 基因與綿羊( 登錄 號 為 NM001033608. 1 ) 、 瘤 牛 ( 登 錄 號 為 XM019977119. 1) 、普通牛( 登錄號為 HF564807. 1) 、 水牛( 登錄號為 XM_006048115. 2) 和山羊( 登錄號: XM018060897. 1) 進(jìn)行同源比對,結(jié)果核苷酸同源性 依次為 100%、99. 7%、99. 7%、99. 4%和 100%,蛋白 氨基酸同源性皆為 100%。蛋白修飾位點分析結(jié)果顯示: 藏羊 MIF 蛋白含 有 2 個 N-糖基化位點,分別為 73 ~ 76 位的 NRSY、 110 ~ 113 位的 NGST; 2 個蛋白激酶 C 位點,分別為 31 ~ 33 位的 TGK、85 ~ 87 位的 TER; 1 個酪蛋白激酶 Ⅱ磷酸化位點,為 14 ~ 17 位的 SVPD; 1 個酪氨酸激 酶磷酸化位點,為 89 ~ 96 位的 RISPDRIY; 1 個 N -肉 豆蔻?;稽c,為 69 ~ 74 位的 GGAQNR; MIF 家族為 55 ~ 69 位的 EPCALCSLHSIGKIG。

4 討論 

MIF 作為血管形成因子 既能促進(jìn)小鼠體內(nèi)微血管的形成,也能促進(jìn)人體新生 微血管的形成,這也提示藏羊 MIF 基因可能具有促 進(jìn)藏羊微血管形成的作用。MIF 在膿毒癥的發(fā)病機(jī) 制中起著不同作用: 一方面毒素、細(xì)菌等誘導(dǎo)巨噬細(xì) 胞、T 細(xì)胞等組織器官產(chǎn)生 MIF,發(fā)揮對病原菌的免 疫作用; 另一方面,高水平的 MIF 會加重膿毒癥的 器官損傷。趙喆等研究結(jié)果表明,當(dāng)小鼠處于 重物墜落時所致的脊髓損傷急性期時,MIF 在參與脊 髓損傷與修復(fù)過程中發(fā)揮重要的作用。此外,MIF 與 佐劑性關(guān)節(jié)炎、胃癌、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、乳 腺癌等的發(fā)生都有密切的關(guān)系。